高效液相色谱仪分析样品的种类繁多、物理形态广泛、组成及其浓度复杂多变，对分析结果的干扰因素很多，为达到分析目的，样品要进行有效的制备。高效液相色谱仪分析样品的制备包括预处理、提取、净化和浓缩等过程。
一、预处理：
1、固体样品：含水较低，粉碎过筛。含水量较高，取使用部分烘干后，粉碎过筛。
2、液体样品：搅拌混合均匀。
3、特殊样品：根据实验要求进行特殊处理。
二、提取：
1、浸提法（固-液萃取法）：将样品浸泡在溶剂中，把固体样品中的某些组分浸出。
2、萃取法（液-液萃取法）：利用被提取组分在互不相溶的两种溶剂中分配系数的不同实现分离。
三、净化：
1、萃取法：适用于液体样品，少量多次。
2、化学法：通过使杂质或待测物发生化学反应而改变其溶解性，使其与原体系分离。
3、层析法：利用混合物中各组分理化性质的不同，使各组分在支持物上的移动速度不同，而将各组分分离。
四、浓缩：
1、常压浓缩：通过升高温度，将溶剂由液态转化成气态被抽走，从而达到浓缩目的。适用于挥发性和沸点相对较低的样品。
2、减压浓缩：通过抽真空，使容器内产生负压，在不改变样品化学性质的前提下降低样品的沸点，使一些高温下化学性质不稳定或沸点高的溶剂在低温下由液态转化成气态被抽走，从而达到浓缩目的。
3、冷冻干燥：冷冻的同时抽真空减压，使溶剂升华。适用于生物活性样品。
4、氮吹仪浓缩：采用氮气对加热样品进行吹扫，使样品迅速浓缩，达到快速分离纯化的效果。适用于农残检测和制药行业等样品的批量处理。